ฐานดอกอยู่ลึกเข้าไปในสมองในเปลือกสมองติดกับไฮโปทาลามัส เป็นโครงสร้างสมมาตรซึ่งตั้งอยู่ที่ด้านบนของก้านสมองและด้านใดด้านหนึ่งของเยื่อหุ้มสมองที่สาม
ทั้งสองซีกมีลักษณะคล้ายกระเปาะและมีความยาวประมาณ 5.5 ถึง 6.0 เซนติเมตรในผู้ใหญ่โดยเฉลี่ย
หน้าที่หลักของมันคือการประมวลผลข้อมูลที่เข้าและออกจากไขสันหลังและมันสมอง นอกจากนี้ยังควบคุมวงจรการนอนหลับการมีสติและความตื่นตัว
ฐานดอกรับข้อมูลจากเกือบทุกระบบประสาทสัมผัสนอกเหนือจากระบบรับกลิ่นซึ่งจะส่งไปยังบริเวณเยื่อหุ้มสมองที่เกี่ยวข้อง การวิจัยพบว่าฐานดอกไม่ได้เป็นเพียงแค่การถ่ายทอดข้อมูล แต่ยังมีส่วนในการประมวลผลด้วยเพื่อให้แน่ใจว่าข้อมูลจะถูกดำเนินการอย่างถูกต้องไปยังบริเวณเปลือกนอก
ฐานดอกยังมีความสัมพันธ์ที่แน่นแฟ้นกับเปลือกสมองและยังมีส่วนร่วมในการควบคุมจิตสำนึก ความเสียหายต่อฐานดอกอาจทำให้โคม่าถาวร
ฐานดอกยังมีส่วนสำคัญในการควบคุมระบบมอเตอร์