ระบบอวัยวะเพศของผู้ชายประกอบด้วยทั้งส่วนภายนอกและภายใน อวัยวะเพศภายนอกของผู้ชาย ได้แก่ อวัยวะเพศท่อปัสสาวะและถุงอัณฑะ อวัยวะเพศภายในของผู้ชาย ได้แก่ ถุงน้ำเชื้ออัณฑะหลอดเลือดตีบถุงน้ำดีต่อมลูกหมากต่อม bulbourethral และท่ออุทาน
อวัยวะเพศชายเป็นส่วนหลักของอวัยวะเพศภายนอกของผู้ชายซึ่งมีหน้าที่ทั้งทางเพศและทางร่างกาย สามารถหลั่งน้ำอสุจิ (ที่มีอสุจิ) ระหว่างมีเพศสัมพันธ์และเพื่อบรรเทาอาการปัสสาวะ ท่อปัสสาวะลำเลียงปัสสาวะจากกระเพาะปัสสาวะออกจากร่างกายของผู้ชาย น้ำอสุจิยังเดินทางผ่านท่อปัสสาวะ
ผู้ชายแต่ละคนมีกระเป๋า scrotal สองอันซึ่งเป็นที่เก็บบางส่วนของอวัยวะเพศภายในของผู้ชาย (หลอดน้ำอสุจิอัณฑะและสายอสุจิส่วนล่าง) อัณฑะเป็นส่วนที่สำคัญที่สุดของอวัยวะเพศภายในของผู้ชายเพราะสร้างและเก็บอสุจิรวมทั้งจัดหาฮอร์โมนให้กับร่างกายของผู้ชายซึ่งควบคุมการพัฒนาลักษณะของเพศชายและอวัยวะสืบพันธุ์
หลอดน้ำอสุจิจะเก็บรักษาเจริญเติบโตและขนส่งอสุจิระหว่างอัณฑะและท่อปัสสาวะซึ่งเป็นช่องทางส่งสเปิร์มไปยังท่อปัสสาวะ ถุงน้ำเชื้ออยู่ติดกับท่อปัสสาวะและหลั่งของเหลวที่เป็นน้ำนมซึ่งจะถูกขับออกทางท่ออุทานในที่สุด ต่อม bulbourethral ยังช่วยในการหลั่งน้ำอสุจิ
